Linia lotnicza Aegean rozwija swój program lojalnościowy Miles+Bonus, który nagradza pasażerów za każdą podróż i współpracę z szeroką siecią partnerów, od hoteli, przez wynajem samochodów, po restauracje, zakupy i inne aktywności rekreacyjne. Zgromadzone mile można wymieniać na bilety lotnicze, podwyższenie klasy podróży oraz nagrody oferowane przez partnerów programu. Status uczestnika jest określany na podstawie mil statusowych i obowiązuje przez 12 miesięcy. AEGEAN zdobyła tytuł Najlepszej Regionalnej Linii Lotniczej w Europie w konkursie Skytrax World Airline Awards 2026.